Selepas Perang Dunia II, Burhanuddin menubuhkan Parti Kebangsaan Melayu Malaya (PKMM). Parti ini menuntut kemerdekaan penuh bagi Tanah Melayu dan menentang sebarang bentuk penjajahan Inggeris, dan Dr. Burhanuddin membawa PKMM ke arah mewujudkan Melayu Raya iaitu satu gagasan "kesatuan politik" Malaya-Indonesia yang merupakan salah satu perjuangan utamanya.[3][5]

Homeopati

Selain aktif dalam politik, Dr. Burhanuddin juga mempunyai kelulusan homeopati daripada Ismaeliah Medical college, New Delhi pada 1934. Apabila kembali ke Malaysia, beliau membuka sebuah klinik homoepati di Singapura bersama Dr. Rajah. Beliau juga dikatakan bertanggungjawab melatih dua belas orang pengikut setia yang kemudiannya membantu mengembangkan homeopati di Malaysia.[6] Kemudiannya para pelajar dan pengikut homeopati kemudiannya bersepakat menubuhkan sebuah persatuan homeopati yang dinamakan Persatuan Homeopathy Malaya yang didaftarkan secara rasmi pada tahun 1961. Presiden pertamanya ialah Dr. Burhanuddin sendiri. Beliau terus memimpin persatuan ini sehingga beliau meninggal dunia pada 25 Oktober 1969. [7][petikan diperlukan]

Pemergian Dr. Burhanuddin dianggap satu kehilangan besar bagi masyarakat homeopati di Malaysia. Selain sebagai guru homeopati dan pengasas persatuan homeopati di Malaysia, beliau dikatakan telah meninggalkan hasil karya sebagai bahan pengajaran dan rujukan pelajar-pelajar homeopati di Malaysia, iaitu (1) Falsafah Perubatan Homeopati, (2) Materia Medika Homeopati dan (3) Biochemistry Homeopati. [8]